吴兴区南和德清县交界，东与杭嘉湖平原南浔区相连，西与长兴县、安吉县相临，区内地势西南高东北低，以东苕溪导流港为界，西部以低山丘陵为主，东部为典型江南水网地区，平均地面高程为1.0-2.2米（85高程）。

区内河网水系属长江中下游太湖流域，水网密集，纵横交错，以东苕溪导流港、环城河、长兜港为纵轴，分为东西两片，西片为苕溪水系，东片为运河水系（杭嘉湖平原水系）。苕溪水系主要干河有东苕溪导流港、西苕溪、旄儿港、老龙溪、环城河、长兜港、小梅港、埭溪港、妙西港等；运河水系根据排水走向分为入湖和北排河道，入湖河道为溇港及与溇港相连的南北向河道，主要有大钱港、利川港、濮溇港、汤溇港、菱湖塘等；北排河道为由西向东排入太湖太浦河的河道，主要有南北横塘、頔塘等。

我区共有小（二）型以上水库20座，总库容1170万方，万方以上山塘67座，总库容近200万方；各类河道共1518条1539公里，其中平原河道1140公里，堤防长度2500余公里；圩（灌）区313座，耕地总面积29.37万亩，其中中圩区8座，控制面积207平方公里；固定机电灌排泵站1210余座，装机2.65万千瓦，中小水闸工程150余座等。

    多年平均降雨量1301.2毫米，其中西部山区1361.9毫米，东部平原1215.3毫米；平原区多年平均水位1.16米（85高程）。